Abstract
Original language | English (US) |
---|---|
Pages (from-to) | 499-509 |
Number of pages | 11 |
Journal | Nature biotechnology |
Volume | 39 |
Issue number | 4 |
DOIs | |
State | Published - Apr 1 2021 |
Externally published | Yes |
Fingerprint
Dive into the research topics of 'A genomic catalog of Earth’s microbiomes'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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In: Nature biotechnology, Vol. 39, No. 4, 01.04.2021, p. 499-509.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - A genomic catalog of Earth’s microbiomes
AU - Nayfach, Stephen
AU - Roux, Simon
AU - Seshadri, Rekha
AU - Udwary, Daniel
AU - Varghese, Neha
AU - Schulz, Frederik
AU - Wu, Dongying
AU - Paez-Espino, David
AU - Chen, I. Min
AU - Huntemann, Marcel
AU - Palaniappan, Krishna
AU - Ladau, Joshua
AU - Mukherjee, Supratim
AU - Reddy, T. B.K.
AU - Nielsen, Torben
AU - Kirton, Edward
AU - Faria, José P.
AU - Edirisinghe, Janaka N.
AU - Henry, Christopher S.
AU - Jungbluth, Sean P.
AU - Chivian, Dylan
AU - Dehal, Paramvir
AU - Wood-Charlson, Elisha M.
AU - Arkin, Adam P.
AU - Tringe, Susannah G.
AU - Visel, Axel
AU - Abreu, Helena
AU - Acinas, Silvia G.
AU - Allen, Eric
AU - Allen, Michelle A.
AU - Alteio, Lauren V.
AU - Andersen, Gary
AU - Anesio, Alexandre M.
AU - Attwood, Graeme
AU - Avila-Magaña, Viridiana
AU - Badis, Yacine
AU - Bailey, Jake
AU - Baker, Brett
AU - Baldrian, Petr
AU - Barton, Hazel A.
AU - Beck, David A.C.
AU - Becraft, Eric D.
AU - Beller, Harry R.
AU - Beman, J. Michael
AU - Bernier-Latmani, Rizlan
AU - Berry, Timothy D.
AU - Bertagnolli, Anthony
AU - Bertilsson, Stefan
AU - Bhatnagar, Jennifer M.
AU - Bird, Jordan T.
AU - Blanchard, Jeffrey L.
AU - Blumer-Schuette, Sara E.
AU - Bohannan, Brendan
AU - Borton, Mikayla A.
AU - Brady, Allyson
AU - Brawley, Susan H.
AU - Brodie, Juliet
AU - Brown, Steven
AU - Brum, Jennifer R.
AU - Brune, Andreas
AU - Bryant, Donald A.
AU - Buchan, Alison
AU - Buckley, Daniel H.
AU - Buongiorno, Joy
AU - Cadillo-Quiroz, Hinsby
AU - Caffrey, Sean M.
AU - Campbell, Ashley N.
AU - Campbell, Barbara
AU - Carr, Stephanie
AU - Carroll, Jo Lynn
AU - Cary, S. Craig
AU - Cates, Anna M.
AU - Cattolico, Rose Ann
AU - Cavicchioli, Ricardo
AU - Chistoserdova, Ludmila
AU - Coleman, Maureen L.
AU - Constant, Philippe
AU - Conway, Jonathan M.
AU - Mac Cormack, Walter P.
AU - Crowe, Sean
AU - Crump, Byron
AU - Currie, Cameron
AU - Daly, Rebecca
AU - DeAngelis, Kristen M.
AU - Denef, Vincent
AU - Denman, Stuart E.
AU - Desta, Adey
AU - Dionisi, Hebe
AU - Dodsworth, Jeremy
AU - Dombrowski, Nina
AU - Donohue, Timothy
AU - Dopson, Mark
AU - Driscoll, Timothy
AU - Dunfield, Peter
AU - Dupont, Christopher L.
AU - Dynarski, Katherine A.
AU - Edgcomb, Virginia
AU - Edwards, Elizabeth A.
AU - Elshahed, Mostafa S.
AU - Figueroa, Israel
AU - Flood, Beverly
AU - Fortney, Nathaniel
AU - Fortunato, Caroline S.
AU - Francis, Christopher
AU - Gachon, Claire M.M.
AU - Garcia, Sarahi L.
AU - Gazitua, Maria C.
AU - Gentry, Terry
AU - Gerwick, Lena
AU - Gharechahi, Javad
AU - Girguis, Peter
AU - Gladden, John
AU - Gradoville, Mary
AU - Grasby, Stephen E.
AU - Gravuer, Kelly
AU - Grettenberger, Christen L.
AU - Gruninger, Robert J.
AU - Guo, Jiarong
AU - Habteselassie, Mussie Y.
AU - Hallam, Steven J.
AU - Hatzenpichler, Roland
AU - Hausmann, Bela
AU - Hazen, Terry C.
AU - Hedlund, Brian
AU - Henny, Cynthia
AU - Herfort, Lydie
AU - Hernandez, Maria
AU - Hershey, Olivia S.
AU - Hess, Matthias
AU - Hollister, Emily B.
AU - Hug, Laura A.
AU - Hunt, Dana
AU - Jansson, Janet
AU - Jarett, Jessica
AU - Kadnikov, Vitaly V.
AU - Kelly, Charlene
AU - Kelly, Robert
AU - Kelly, William
AU - Kerfeld, Cheryl A.
AU - Kimbrel, Jeff
AU - Klassen, Jonathan L.
AU - Konstantinidis, Konstantinos T.
AU - Lee, Laura L.
AU - Li, Wen Jun
AU - Loder, Andrew J.
AU - Loy, Alexander
AU - Lozada, Mariana
AU - MacGregor, Barbara
AU - Magnabosco, Cara
AU - Maria da Silva, Aline
AU - McKay, R. Michael
AU - McMahon, Katherine
AU - McSweeney, Chris S.
AU - Medina, Mónica
AU - Meredith, Laura
AU - Mizzi, Jessica
AU - Mock, Thomas
AU - Momper, Lily
AU - Moran, Mary Ann
AU - Morgan-Lang, Connor
AU - Moser, Duane
AU - Muyzer, Gerard
AU - Myrold, David
AU - Nash, Maisie
AU - Nesbø, Camilla L.
AU - Neumann, Anthony P.
AU - Neumann, Rebecca B.
AU - Noguera, Daniel
AU - Northen, Trent
AU - Norton, Jeanette
AU - Nowinski, Brent
AU - Nüsslein, Klaus
AU - O’Malley, Michelle A.
AU - Oliveira, Rafael S.
AU - Maia de Oliveira, Valeria
AU - Onstott, Tullis
AU - Osvatic, Jay
AU - Ouyang, Yang
AU - Pachiadaki, Maria
AU - Parnell, Jacob
AU - Partida-Martinez, Laila P.
AU - Peay, Kabir G.
AU - Pelletier, Dale
AU - Peng, Xuefeng
AU - Pester, Michael
AU - Pett-Ridge, Jennifer
AU - Peura, Sari
AU - Pjevac, Petra
AU - Plominsky, Alvaro M.
AU - Poehlein, Anja
AU - Pope, Phillip B.
AU - Ravin, Nikolai
AU - Redmond, Molly C.
AU - Reiss, Rebecca
AU - Rich, Virginia
AU - Rinke, Christian
AU - Rodrigues, Jorge L.Mazza
AU - Rodriguez-Reillo, William
AU - Rossmassler, Karen
AU - Sackett, Joshua
AU - Salekdeh, Ghasem Hosseini
AU - Saleska, Scott
AU - Scarborough, Matthew
AU - Schachtman, Daniel
AU - Schadt, Christopher W.
AU - Schrenk, Matthew
AU - Sczyrba, Alexander
AU - Sengupta, Aditi
AU - Setubal, Joao C.
AU - Shade, Ashley
AU - Sharp, Christine
AU - Sherman, David H.
AU - Shubenkova, Olga V.
AU - Sierra-Garcia, Isabel Natalia
AU - Simister, Rachel
AU - Simon, Holly
AU - Sjöling, Sara
AU - Slonczewski, Joan
AU - Correa de Souza, Rafael Soares
AU - Spear, John R.
AU - Stegen, James C.
AU - Stepanauskas, Ramunas
AU - Stewart, Frank
AU - Suen, Garret
AU - Sullivan, Matthew
AU - Sumner, Dawn
AU - Swan, Brandon K.
AU - Swingley, Wesley
AU - Tarn, Jonathan
AU - Taylor, Gordon T.
AU - Teeling, Hanno
AU - Tekere, Memory
AU - Teske, Andreas
AU - Thomas, Torsten
AU - Thrash, Cameron
AU - Tiedje, James
AU - Ting, Claire S.
AU - Tully, Benjamin
AU - Tyson, Gene
AU - Ulloa, Osvlado
AU - Valentine, David L.
AU - Van Goethem, Marc W.
AU - VanderGheynst, Jean
AU - Verbeke, Tobin J.
AU - Vollmers, John
AU - Vuillemin, Aurèle
AU - Waldo, Nicholas B.
AU - Walsh, David A.
AU - Weimer, Bart C.
AU - Whitman, Thea
AU - van der Wielen, Paul
AU - Wilkins, Michael
AU - Williams, Timothy J.
AU - Woodcroft, Ben
AU - Woolet, Jamie
AU - Wrighton, Kelly
AU - Ye, Jun
AU - Young, Erica B.
AU - Youssef, Noha H.
AU - Yu, Feiqiao Brian
AU - Zemskaya, Tamara I.
AU - Ziels, Ryan
AU - Woyke, Tanja
AU - Mouncey, Nigel J.
AU - Ivanova, Natalia N.
AU - Kyrpides, Nikos C.
AU - Eloe-Fadrosh, Emiley A.
N1 - Generated from Scopus record by KAUST IRTS on 2023-10-23
PY - 2021/4/1
Y1 - 2021/4/1
N2 - The reconstruction of bacterial and archaeal genomes from shotgun metagenomes has enabled insights into the ecology and evolution of environmental and host-associated microbiomes. Here we applied this approach to >10,000 metagenomes collected from diverse habitats covering all of Earth’s continents and oceans, including metagenomes from human and animal hosts, engineered environments, and natural and agricultural soils, to capture extant microbial, metabolic and functional potential. This comprehensive catalog includes 52,515 metagenome-assembled genomes representing 12,556 novel candidate species-level operational taxonomic units spanning 135 phyla. The catalog expands the known phylogenetic diversity of bacteria and archaea by 44% and is broadly available for streamlined comparative analyses, interactive exploration, metabolic modeling and bulk download. We demonstrate the utility of this collection for understanding secondary-metabolite biosynthetic potential and for resolving thousands of new host linkages to uncultivated viruses. This resource underscores the value of genome-centric approaches for revealing genomic properties of uncultivated microorganisms that affect ecosystem processes.
AB - The reconstruction of bacterial and archaeal genomes from shotgun metagenomes has enabled insights into the ecology and evolution of environmental and host-associated microbiomes. Here we applied this approach to >10,000 metagenomes collected from diverse habitats covering all of Earth’s continents and oceans, including metagenomes from human and animal hosts, engineered environments, and natural and agricultural soils, to capture extant microbial, metabolic and functional potential. This comprehensive catalog includes 52,515 metagenome-assembled genomes representing 12,556 novel candidate species-level operational taxonomic units spanning 135 phyla. The catalog expands the known phylogenetic diversity of bacteria and archaea by 44% and is broadly available for streamlined comparative analyses, interactive exploration, metabolic modeling and bulk download. We demonstrate the utility of this collection for understanding secondary-metabolite biosynthetic potential and for resolving thousands of new host linkages to uncultivated viruses. This resource underscores the value of genome-centric approaches for revealing genomic properties of uncultivated microorganisms that affect ecosystem processes.
UR - https://www.nature.com/articles/s41587-020-0718-6
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85095709328&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/s41587-020-0718-6
DO - 10.1038/s41587-020-0718-6
M3 - Article
SN - 1546-1696
VL - 39
SP - 499
EP - 509
JO - Nature biotechnology
JF - Nature biotechnology
IS - 4
ER -