Abstract
| Original language | English (US) |
|---|---|
| Journal | Nature Communications |
| Volume | 10 |
| Issue number | 1 |
| DOIs | |
| State | Published - Jun 17 2019 |
Access to Document
Other files and links
Fingerprint
Dive into the research topics of 'Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
- APA
- Author
- BIBTEX
- Harvard
- Standard
- RIS
- Vancouver
}
In: Nature Communications, Vol. 10, No. 1, 17.06.2019.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen
AU - Menden, Michael P.
AU - Wang, Dennis
AU - Mason, Mike J.
AU - Szalai, Bence
AU - Bulusu, Krishna C.
AU - Guan, Yuanfang
AU - Yu, Thomas
AU - Kang, Jaewoo
AU - Jeon, Minji
AU - Wolfinger, Russ
AU - Nguyen, Tin
AU - Zaslavskiy, Mikhail
AU - Abante, Jordi
AU - Abecassis, Barbara Schmitz
AU - Aben, Nanne
AU - Aghamirzaie, Delasa
AU - Aittokallio, Tero
AU - Akhtari, Farida S.
AU - Al-lazikani, Bissan
AU - Alam, Tanvir
AU - Allam, Amin
AU - Allen, Chad
AU - de Almeida, Mariana Pelicano
AU - Altarawy, Doaa
AU - Alves, Vinicius
AU - Amadoz, Alicia
AU - Anchang, Benedict
AU - Antolin, Albert A.
AU - Ash, Jeremy R.
AU - Aznar, Victoria Romeo
AU - Ba Alawi, Wail
AU - Bagheri, Moeen
AU - Bajic, Vladimir B.
AU - Ball, Gordon
AU - Ballester, Pedro J.
AU - Baptista, Delora
AU - Bare, Christopher
AU - Bateson, Mathilde
AU - Bender, Andreas
AU - Bertrand, Denis
AU - Wijayawardena, Bhagya
AU - Boroevich, Keith A.
AU - Bosdriesz, Evert
AU - Bougouffa, Salim
AU - Bounova, Gergana
AU - Brouwer, Thomas
AU - Bryant, Barbara
AU - Calaza, Manuel
AU - Calderone, Alberto
AU - Calza, Stefano
AU - Capuzzi, Stephen
AU - Carbonell-Caballero, Jose
AU - Carlin, Daniel
AU - Carter, Hannah
AU - Castagnoli, Luisa
AU - Celebi, Remzi
AU - Cesareni, Gianni
AU - Chang, Hyeokyoon
AU - Chen, Guocai
AU - Chen, Haoran
AU - Chen, Huiyuan
AU - Cheng, Lijun
AU - Chernomoretz, Ariel
AU - Chicco, Davide
AU - Cho, Kwang Hyun
AU - Cho, Sunghwan
AU - Choi, Daeseon
AU - Choi, Jaejoon
AU - Choi, Kwanghun
AU - Choi, Minsoo
AU - Cock, Martine De
AU - Coker, Elizabeth
AU - Cortes-Ciriano, Isidro
AU - Cserzö, Miklós
AU - Cubuk, Cankut
AU - Curtis, Christina
AU - Daele, Dries Van
AU - Dang, Cuong C.
AU - Dijkstra, Tjeerd
AU - Dopazo, Joaquin
AU - Draghici, Sorin
AU - Drosou, Anastasios
AU - Dumontier, Michel
AU - Ehrhart, Friederike
AU - Eid, Fatma Elzahraa
AU - ElHefnawi, Mahmoud
AU - Elmarakeby, Haitham
AU - van Engelen, Bo
AU - Engin, Hatice Billur
AU - de Esch, Iwan
AU - Evelo, Chris
AU - Falcao, Andre O.
AU - Farag, Sherif
AU - Fernandez-Lozano, Carlos
AU - Fisch, Kathleen
AU - Flobak, Asmund
AU - Fornari, Chiara
AU - Foroushani, Amir B.K.
AU - Fotso, Donatien Chedom
AU - Fourches, Denis
AU - Friend, Stephen
AU - Frigessi, Arnoldo
AU - Gao, Feng
AU - Gao, Xiaoting
AU - Gerold, Jeffrey M.
AU - Gestraud, Pierre
AU - Ghosh, Samik
AU - Gillberg, Jussi
AU - Godoy-Lorite, Antonia
AU - Godynyuk, Lizzy
AU - Godzik, Adam
AU - Goldenberg, Anna
AU - Gomez-Cabrero, David
AU - Gonen, Mehmet
AU - de Graaf, Chris
AU - Gray, Harry
AU - Grechkin, Maxim
AU - Guimera, Roger
AU - Guney, Emre
AU - Haibe-Kains, Benjamin
AU - Han, Younghyun
AU - Hase, Takeshi
AU - He, Di
AU - He, Liye
AU - Heath, Lenwood S.
AU - Hellton, Kristoffer H.
AU - Helmer-Citterich, Manuela
AU - Hidalgo, Marta R.
AU - Hidru, Daniel
AU - Hill, Steven M.
AU - Hochreiter, Sepp
AU - Hong, Seungpyo
AU - Hovig, Eivind
AU - Hsueh, Ya Chih
AU - Hu, Zhiyuan
AU - Huang, Justin K.
AU - Huang, R. Stephanie
AU - Hunyady, László
AU - Hwang, Jinseub
AU - Hwang, Tae Hyun
AU - Hwang, Woochang
AU - Hwang, Yongdeuk
AU - Isayev, Olexandr
AU - Don’t Walk, Oliver Bear
AU - Jack, John
AU - Jahandideh, Samad
AU - Ji, Jiadong
AU - Jo, Yousang
AU - Kamola, Piotr J.
AU - Kanev, Georgi K.
AU - Karacosta, Loukia
AU - Karimi, Mostafa
AU - Kaski, Samuel
AU - Kazanov, Marat
AU - Khamis, Abdullah M.
AU - Khan, Suleiman Ali
AU - Kiani, Narsis A.
AU - Kim, Allen
AU - Kim, Jinhan
AU - Kim, Juntae
AU - Kim, Kiseong
AU - Kim, Kyung
AU - Kim, Sunkyu
AU - Kim, Yongsoo
AU - Kim, Yunseong
AU - Kirk, Paul D.W.
AU - Kitano, Hiroaki
AU - Klambauer, Gunter
AU - Knowles, David
AU - Ko, Melissa
AU - Kohn-Luque, Alvaro
AU - Kooistra, Albert J.
AU - Kuenemann, Melaine A.
AU - Kuiper, Martin
AU - Kurz, Christoph
AU - Kwon, Mijin
AU - van Laarhoven, Twan
AU - Laegreid, Astrid
AU - Lederer, Simone
AU - Lee, Heewon
AU - Lee, Jeon
AU - Lee, Yun Woo
AU - Lepp_aho, Eemeli
AU - Lewis, Richard
AU - Li, Jing
AU - Li, Lang
AU - Liley, James
AU - Lim, Weng Khong
AU - Lin, Chieh
AU - Liu, Yiyi
AU - Lopez, Yosvany
AU - Low, Joshua
AU - Lysenko, Artem
AU - Machado, Daniel
AU - Madhukar, Neel
AU - Maeyer, Dries De
AU - Malpartida, Ana Belen
AU - Mamitsuka, Hiroshi
AU - Marabita, Francesco
AU - Marchal, Kathleen
AU - Marttinen, Pekka
AU - Mason, Daniel
AU - Mazaheri, Alireza
AU - Mehmood, Arfa
AU - Mehreen, Ali
AU - Michaut, Magali
AU - Miller, Ryan A.
AU - Mitsopoulos, Costas
AU - Modos, Dezso
AU - Moerbeke, Marijke Van
AU - Moo, Keagan
AU - Motsinger-Reif, Alison
AU - Movva, Rajiv
AU - Muraru, Sebastian
AU - Muratov, Eugene
AU - Mushthofa, Mushthofa
AU - Nagarajan, Niranjan
AU - Nakken, Sigve
AU - Nath, Aritro
AU - Neuvial, Pierre
AU - Newton, Richard
AU - Ning, Zheng
AU - Niz, Carlos De
AU - Oliva, Baldo
AU - Olsen, Catharina
AU - Palmeri, Antonio
AU - Panesar, Bhawan
AU - Papadopoulos, Stavros
AU - Park, Jaesub
AU - Park, Seonyeong
AU - Park, Sungjoon
AU - Pawitan, Yudi
AU - Peluso, Daniele
AU - Pendyala, Sriram
AU - Peng, Jian
AU - Perfetto, Livia
AU - Pirro, Stefano
AU - Plevritis, Sylvia
AU - Politi, Regina
AU - Poon, Hoifung
AU - Porta, Eduard
AU - Prellner, Isak
AU - Preuer, Kristina
AU - Pujana, Miguel Angel
AU - Ramnarine, Ricardo
AU - Reid, John E.
AU - Reyal, Fabien
AU - Richardson, Sylvia
AU - Ricketts, Camir
AU - Rieswijk, Linda
AU - Rocha, Miguel
AU - Rodriguez-Gonzalvez, Carmen
AU - Roell, Kyle
AU - Rotroff, Daniel
AU - de Ruiter, Julian R.
AU - Rukawa, Ploy
AU - Sadacca, Benjamin
AU - Safikhani, Zhaleh
AU - Safitri, Fita
AU - Sales-Pardo, Marta
AU - Sauer, Sebastian
AU - Schlichting, Moritz
AU - Seoane, Jose A.
AU - Serra, Jordi
AU - Shang, Ming Mei
AU - Sharma, Alok
AU - Sharma, Hari
AU - Shen, Yang
AU - Shiga, Motoki
AU - Shin, Moonshik
AU - Shkedy, Ziv
AU - Shopsowitz, Kevin
AU - Sinai, Sam
AU - Skola, Dylan
AU - Smirnov, Petr
AU - Soerensen, Izel Fourie
AU - Soerensen, Peter
AU - Song, Je Hoon
AU - Song, Sang Ok
AU - Soufan, Othman
AU - Spitzmueller, Andreas
AU - Steipe, Boris
AU - Suphavilai, Chayaporn
AU - Tamayo, Sergio Pulido
AU - Tamborero, David
AU - Tang, Jing
AU - Tanoli, Zia ur Rehman
AU - Tarres-Deulofeu, Marc
AU - Tegner, Jesper
AU - Thommesen, Liv
AU - Tonekaboni, Seyed Ali Madani
AU - Tran, Hong
AU - Troyer, Ewoud De
AU - Truong, Amy
AU - Tsunoda, Tatsuhiko
AU - Turu, Gábor
AU - Tzeng, Guang Yo
AU - Verbeke, Lieven
AU - Videla, Santiago
AU - Vis, Daniel
AU - Voronkov, Andrey
AU - Votis, Konstantinos
AU - Wang, Ashley
AU - Wang, Hong Qiang Horace
AU - Wang, Po Wei
AU - wang, sheng
AU - Wang, Wei
AU - Wang, Xiaochen
AU - Wang, Xin
AU - Wennerberg, Krister
AU - Wernisch, Lorenz
AU - Wessels, Lodewyk
AU - van Westen, Gerard J.P.
AU - Westerman, Bart A.
AU - White, Simon Richard
AU - Willighagen, Egon
AU - Wurdinger, Tom
AU - Xie, Lei
AU - Xie, Shuilian
AU - Xu, Hua
AU - Yadav, Bhagwan
AU - Yau, Christopher
AU - Yeerna, Huwate
AU - Yin, Jia Wei
AU - Yu, Michael
AU - Yu, Min Hwan
AU - Yun, So Jeong
AU - Zakharov, Alexey
AU - Zamichos, Alexandros
AU - Zanin, Massimiliano
AU - Zeng, Li
AU - Zenil, Hector
AU - Zhang, Frederick
AU - Zhang, Pengyue
AU - Zhang, Wei
AU - Zhao, Hongyu
AU - Zhao, Lan
AU - Zheng, Wenjin
AU - Zoufir, Azedine
AU - Zucknick, Manuela
AU - Jang, In Sock
AU - Ghazoui, Zara
AU - Aghamirzaie, Delasa
AU - Vogel, Robert
AU - Neto, Elias Chaibub
AU - Norman, Thea
AU - Tang, Eric K.Y.
AU - Garnett, Mathew J.
AU - Veroli, Giovanni Y.Di
AU - Fawell, Stephen
AU - Altarawy, Doaa
AU - Alves, Vinicius
AU - Dry, Jonathan R.
AU - Anchang, Benedict
N1 - KAUST Repository Item: Exported on 2020-10-01 Acknowledgements: We thank the Genomics of Drug Sensitivity in Cancer and COSMIC teams at the Wellcome Trust Sanger Institute for help with the preparation of the molecular data, Denes Turei for help with Omnipath, and Katjusa Koler for help with matching drug names across combination screens. We thank AstraZeneca for funding and provision of data to the DREAM Consortium to run the challenge, and funding from the European Union Horizon 2020 research (under grant agreement No 668858 PrECISE to J.S.R.), the Joint Research Center for Computational Biomedicine (which is partially funded by Bayer AG) to J.S.R., National Institute for Health Research (NIHR) Sheffield Biomedical Research Center, Premium Postdoctoral Fellowship Program of the Hungarian Academy of Sciences. M.G lab is supported by Wellcome Trust (102696 and 206194)
PY - 2019/6/17
Y1 - 2019/6/17
N2 - The effectiveness of most cancer targeted therapies is short-lived. Tumors often develop resistance that might be overcome with drug combinations. However, the number of possible combinations is vast, necessitating data-driven approaches to find optimal patient-specific treatments. Here we report AstraZeneca’s large drug combination dataset, consisting of 11,576 experiments from 910 combinations across 85 molecularly characterized cancer cell lines, and results of a DREAM Challenge to evaluate computational strategies for predicting synergistic drug pairs and biomarkers. 160 teams participated to provide a comprehensive methodological development and benchmarking. Winning methods incorporate prior knowledge of drug-target interactions. Synergy is predicted with an accuracy matching biological replicates for >60% of combinations. However, 20% of drug combinations are poorly predicted by all methods. Genomic rationale for synergy predictions are identified, including ADAM17 inhibitor antagonism when combined with PIK3CB/D inhibition contrasting to synergy when combined with other PI3K-pathway inhibitors in PIK3CA mutant cells.
AB - The effectiveness of most cancer targeted therapies is short-lived. Tumors often develop resistance that might be overcome with drug combinations. However, the number of possible combinations is vast, necessitating data-driven approaches to find optimal patient-specific treatments. Here we report AstraZeneca’s large drug combination dataset, consisting of 11,576 experiments from 910 combinations across 85 molecularly characterized cancer cell lines, and results of a DREAM Challenge to evaluate computational strategies for predicting synergistic drug pairs and biomarkers. 160 teams participated to provide a comprehensive methodological development and benchmarking. Winning methods incorporate prior knowledge of drug-target interactions. Synergy is predicted with an accuracy matching biological replicates for >60% of combinations. However, 20% of drug combinations are poorly predicted by all methods. Genomic rationale for synergy predictions are identified, including ADAM17 inhibitor antagonism when combined with PIK3CB/D inhibition contrasting to synergy when combined with other PI3K-pathway inhibitors in PIK3CA mutant cells.
UR - http://hdl.handle.net/10754/656605
UR - http://www.nature.com/articles/s41467-019-09799-2
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85067453487&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/s41467-019-09799-2
DO - 10.1038/s41467-019-09799-2
M3 - Article
C2 - 31209238
SN - 2041-1723
VL - 10
JO - Nature Communications
JF - Nature Communications
IS - 1
ER -