Abstract
Original language | English (US) |
---|---|
Journal | Nature |
Volume | 436 |
Issue number | 7052 |
DOIs | |
State | Published - Aug 11 2005 |
Externally published | Yes |
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Dive into the research topics of 'The map-based sequence of the rice genome'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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In: Nature, Vol. 436, No. 7052, 11.08.2005.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - The map-based sequence of the rice genome
AU - Matsumoto, Takashi
AU - Wu, Jianzhong
AU - Kanamori, Hiroyuki
AU - Katayose, Yuichi
AU - Fujisawa, Masaki
AU - Namiki, Nobukazu
AU - Mizuno, Hiroshi
AU - Yamamoto, Kimiko
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AU - Yamamoto, Shinichi
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PY - 2005/8/11
Y1 - 2005/8/11
N2 - Rice, one of the world's most important food plants, has important syntenic relationships with the other cereal species and is a model plant for the grasses. Here we present a map-based, finished quality sequence that covers 95% of the 389Mb genome, including virtually all of the euchromatin and two complete centromeres. A total of 37,544 nontransposable- element-related protein-coding genes were identified, of which 71% had a putative homologue in Arabidopsis. In a reciprocal analysis, 90% of the Arabidopsis proteins had a putative homologue in the predicted rice proteome. Twenty-nine per cent of the 37,544 predicted genes appear in clustered gene families. The number and classes of transposable elements found in the rice genome are consistent with the expansion of syntenic regions in the maize and sorghum genomes. We find evidence for widespread and recurrent gene transfer from the organelles to the nuclear chromosomes. The map-based sequence has proven useful for the identification of genes underlying agronomic traits. The additional single-nucleotide polymorphisms and simple sequence repeats identified in our study should accelerate improvements in rice production. © 2005 Nature Publishing Group.
AB - Rice, one of the world's most important food plants, has important syntenic relationships with the other cereal species and is a model plant for the grasses. Here we present a map-based, finished quality sequence that covers 95% of the 389Mb genome, including virtually all of the euchromatin and two complete centromeres. A total of 37,544 nontransposable- element-related protein-coding genes were identified, of which 71% had a putative homologue in Arabidopsis. In a reciprocal analysis, 90% of the Arabidopsis proteins had a putative homologue in the predicted rice proteome. Twenty-nine per cent of the 37,544 predicted genes appear in clustered gene families. The number and classes of transposable elements found in the rice genome are consistent with the expansion of syntenic regions in the maize and sorghum genomes. We find evidence for widespread and recurrent gene transfer from the organelles to the nuclear chromosomes. The map-based sequence has proven useful for the identification of genes underlying agronomic traits. The additional single-nucleotide polymorphisms and simple sequence repeats identified in our study should accelerate improvements in rice production. © 2005 Nature Publishing Group.
UR - http://www.nature.com/articles/nature03895
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=84907150192&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/nature03895
DO - 10.1038/nature03895
M3 - Article
SN - 1476-4687
VL - 436
JO - Nature
JF - Nature
IS - 7052
ER -