Abstract
| Original language | English (US) |
|---|---|
| Journal | Nature |
| Volume | 485 |
| Issue number | 7400 |
| DOIs | |
| State | Published - Oct 23 2012 |
| Externally published | Yes |
Fingerprint
Dive into the research topics of 'The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution'. Together they form a unique fingerprint.Cite this
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In: Nature, Vol. 485, No. 7400, 23.10.2012.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution
AU - Sato, Shusei
AU - Tabata, Satoshi
AU - Hirakawa, Hideki
AU - Asamizu, Erika
AU - Shirasawa, Kenta
AU - Isobe, Sachiko
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AU - Li, Jingping
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AU - Traini, Alessandra
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N1 - Generated from Scopus record by KAUST IRTS on 2019-11-20
PY - 2012/10/23
Y1 - 2012/10/23
N2 - Tomato (Solanum lycopersicum) is a major crop plant and a model system for fruit development. Solanum is one of the largest angiosperm genera and includes annual and perennial plants from diverse habitats. Here we present a high-quality genome sequence of domesticated tomato, a draft sequence of its closest wild relative, Solanum pimpinellifolium, and compare them to each other and to the potato genome (Solanum tuberosum). The two tomato genomes show only 0.6% nucleotide divergence and signs of recent admixture, but show more than 8% divergence from potato, with nine large and several smaller inversions. In contrast to Arabidopsis, but similar to soybean, tomato and potato small RNAs map predominantly to gene-rich chromosomal regions, including gene promoters. The Solanum lineage has experienced two consecutive genome triplications: one that is ancient and shared with rosids, and a more recent one. These triplications set the stage for the neofunctionalization of genes controlling fruit characteristics, such as colour and fleshiness. © 2012 Macmillan Publishers Limited.
AB - Tomato (Solanum lycopersicum) is a major crop plant and a model system for fruit development. Solanum is one of the largest angiosperm genera and includes annual and perennial plants from diverse habitats. Here we present a high-quality genome sequence of domesticated tomato, a draft sequence of its closest wild relative, Solanum pimpinellifolium, and compare them to each other and to the potato genome (Solanum tuberosum). The two tomato genomes show only 0.6% nucleotide divergence and signs of recent admixture, but show more than 8% divergence from potato, with nine large and several smaller inversions. In contrast to Arabidopsis, but similar to soybean, tomato and potato small RNAs map predominantly to gene-rich chromosomal regions, including gene promoters. The Solanum lineage has experienced two consecutive genome triplications: one that is ancient and shared with rosids, and a more recent one. These triplications set the stage for the neofunctionalization of genes controlling fruit characteristics, such as colour and fleshiness. © 2012 Macmillan Publishers Limited.
UR - http://www.nature.com/articles/nature11119
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=84863693752&partnerID=8YFLogxK
U2 - 10.1038/nature11119
DO - 10.1038/nature11119
M3 - Article
SN - 0028-0836
VL - 485
JO - Nature
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IS - 7400
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